Mühendislik Fakültesi
BME Semineri - Erhan Deniz (Goethe University Germany) - 5 Eylül 2019 saat:10.00 sınıf: E102
Title: Infrared labels in steady-state and transient vibrational spectroscopy: Detecting conformational changes and vibrational energy transfer in proteins
Erhan Deniz, Katharina B. Eberl, Jan G. Löffler, Georg Wille, Werner Mäntele and Jens Bredenbeck
Institute of Biophysics, Goethe University Frankfurt/Main, Germany
Time and Place: September 5, 2019 @10.00 in E102
Abstract: Infrared (IR) labels provide localized insights into protein structure and dynamics. The thiol (SH) stretching mode of cysteine absorbs around 2550 cm-1 without any other overlapping protein absorption. The precise location and shape of the SH-band depends on the thiol H-bonding environment. We employ these features to monitor structural rearrangements in proteins.
We applied redox difference spectroscopy to pyruvate oxidase from E. coli (EcPOX) – a peripheral redox membrane protein that intermittently binds to the cell membrane where it feeds the respiratory chain with electrons. We identified two cysteines (out of ten) with a distinct SH band-shift upon redox reaction. These thiols sense the redox-induced exposure of the C-terminal membrane binding anchor, even though they are quite remote from the C-terminus.
Non-canonical amino acids (ncAA) can also provide IR signatures spectrally separated from the crowded amide region. We established the azide stretching mode (~ 2100 cm-1) of azidohomoalanine (Aha) as a sensor for vibrational energy, i.e. heat. Together with azulenylalanine – an ultrafast heater – we have a protein-compatible ncAA pair in hand for studying vibrational energy transfer (VET) in peptides and proteins.
VET is an excellent reporter for mechanically coupled amino acids, which might play a key role in dynamic allostery, i.e. allosteric communication without major conformational change. We applied ultrafast pump- probe spectroscopy to tryptophan zippers – short peptides with a stable hairpin structure – and the PDZ3 domain of the PSD95, a paradigm for dynamic allosteric regulation. We observe VET on a picosecond timescale along covalent bonds and non- covalent contacts, e.g. H-bonds. VET timing nicely correlates with the VET pair distance and can currently be resolved up to a distance of 17 Å.
İlgili Dosyalar
HABER |TÜM HABERLER
Prof. Pasquale's ziyareti
İtalya Benevento Sannio Üniversitesi'nden Prof. Pasquale Daponte, olası ortak projeleri, yüksek lisans ve doktora programlarını görüşmek üzere 07.03 - 10.03 tarihleri arasında
Professor Slawomir Szrama konuşması
04.03.2024 – 08.03.2024 tarihleri arasında üniversitemizi ve Havacılık ve Uzay Bölümümüzü ziyaret eden Profesör Slawomir Szrama 06.03.2024 tarihinde 17.00-18.15 saatleri arasında "Sinir
Hayat Kurtaracak Projeler
İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) öğrencileri, ülkemizde deprem, sel ve yangın gibi doğal afetlerin artması üzerine harekete geçerek arama ve kurtarma çalışmalarına büyük
Havacılık ve Uzay Mühendisliği Bölümünün Gaziemir Teknik Gezisi
Havacılık ve Uzay Mühendisliği Bölümü öğrencilerinin Milli Savunma Üniversitesi bağlısı Hava Astsubay Meslek Yüksekokulunun Havacılık Bilimleri laboratuvarları ile Hava Eğitim Komutanlığı bağlısı
İzmir Ekonomili Profesöre 'Başkanlık' Görevi
Stanford Üniversitesi’nden özel bir araştırma ekibinin açıkladığı ‘Dünyanın En Etkili Bilim İnsanları Listesi’nde yer alan İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölüm
İspanya Universidad Jaume Üniversitesi ile Biyomedikal Mühendisliği Erasmus Anlaşması Yapıldı
Universidad Jaume ile Biyomedikal Mühendisliği için yapılacak anlaşma için imza süreçleri tamamlanmış bulunmaktadır. Öğrencilerimiz bir sonraki açılacak Erasmus Öğrenim hareketliliğinde bu üniversiteyi
‘Helikopter’ Ödülcülerine Uluslararası Gurur
Geliştirdikleri yük taşıma ve taarruz helikopteriyle TEKNOFEST’te iki yıl art arda ödül almayı başaran İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) öğrencileri, Azerbaycan’ın başkenti Bakü’de
TEKNOFEST’e 'İzmir Ekonomi' Damgası
Türkiye’nin ilk ve tek havacılık, uzay ve teknoloji festivali olan TEKNOFEST’te sergilenmek üzere İzmir Ekonomi Üniversitesi (İEÜ) öğrencileri tarafından geliştirilen elektrikli otomobil, büyük